تأسست الكنيسة المارونية في طرطوس في مطلع الخمسينات من القرن الماضي، وكانت عبارة عن مبنى المطرانية الحالي والذي يحوي علي كنيسة صغير( مازالت موجودة حتى يومنا هذا وتقام به الصلوات اليومية ماعدا القداس ) وكانت تابعة لأبرشية طرابلس في عهد سيادة المطران جورج أبي صابر وهو أول مطران للموارنة في طرطوس وفي مطلع السبعينات وخلال الحرب في لبنان انفصلت الكنيسة المارونية عن أبرشية طرابلس وأصبحت تابعة لأبرشية حلب , وفي نهاية السبعينات وتقريباً في عام 1977 أصبحت تابعة لأبرشية اللاذقية حتى يومنا هذا.
في عام 1998 بنيت كنيسة سيدة الموارنة بالقرب من مبنى المطرانية في عهد المطران أنطوان طرباي الذي تنحى عن رعايته للأبرشية عام 2001 بسبب وضعه الصحي وتوفي عام 2005 وقد ترأس الأبرشية من بعده سيادة المطران يوسف مسعود في عام 2001 .