يعرف هذا الدّير تاريخيًا بدير مار سركيس – رأس النهر، وهو يعتبر من أقدم الأديار في لبنان الشمالي. في القرن الثامن، وعلى أنقاض هيكل كنعاني قديم لإله الزرع، بنيت أولى كنائسه حيث رسم كاهنًا، عام 1656، رجل العلم والقداسة البطريرك اسطفانوس الدويهي، ثمّ بنيت بمحاذاتها، أيضًا، عام 1198 كنيسة السيدة، بهندسة صليبية ذات حنية كبيرة وعقج أنبوبي متقن البناء.
رمّم هذا الدير، على التوالي، المطران بولس يمّين عام 1404، والمطران بولس الدويهي عام 1659، والخوري مخائيل الدويهي عام 1670 والبطريرك إسطفان الدويهي عام 1690 وكان هذا الدير العريق كرسيًا لمطرانيّة إهدن المارونيّة بدءًا من عام 1473 إلى أن تسلّمته الرهبنة الأنطونيّة في 1/9/1739.
 استضاف العديد من الشخصيات التاريخية والكنسية أهمّها: الحبيس فرانسوا ده شستويل من 1638 إلى 1643، والرحّالة النمساوي المونسنيور ميسلن عام 1848، ويوسف بك كرم، أثناء مطاردته من قبل جيش داوود باشا، عام 1866، أخيرًا، البطريرك الماروني أنطون عريضة عام 1932.
كما شهد هذا الدير ورشة إعمار وترميم بين 1743 و1993 في عهود الآباء الأنطونيين: سمعان عريض 1743، روفائيل الحنش 1761، مكسيموس الكوسا 1856، يوحنّا طيّون 1893، سمعان عاقلة 1911 و1938، جورج بو فاضل 1972 وجبرائيل الشدياق 1992.
ومساهمة من الرهبنة الأنطونيّة في النهضة الثقافيّة في الشمال، أسّست في هذا الدير، عام 1908، مدرسة مجّانية استمرّت حتّى عام 1915، ومدرسة في زغرتا من 1949 إلى 1957، مع إصدار مجلّة الميدان من 1953 إلى 1956.