الكنيسة هي في الأصل مؤلفة من أسواق ثلاثة كما ذكر الدويهي في الفصل الخاص بكيفية بناء الكنائس (في منارة الأقداس). قال: "قسم الآباء القديسون الهياكل الكبيرة ثلاثة أقسام أي قدس الأقداس وبيت المقدس والدار وفقًا لعدد الأقانيم الثلاثة كما تبين من كنائسنا القديمة مثل كنيسة القديس ماما في إهدن...".
 لم يبق منها حاليًا سوى سوقين فقط بسبب شق الطريق العام الملاصق لها. أعادت مديرية الآثار ترميمها سنة 1974 بإيعاز من رئيس هي أقدم كنيسة مارونيّة في لبنان، شيّدت سنة 749 على أنقاض الهيكل الوثني.

أمّا الآثار التي تدلّ على قدم هذه الكنيسة فهي الأحجار الضخمة المختلفة الشكل التي لا تزال ظاهرة على الجدران. وأجمل أثر باقٍ نراه في الأحجار الثلاثة المجوفة. والشاهد على قدم هذه الكنيسة، الأحجار الضخمة، بالإضافة إلى الكتابات والرموز التي نراها في داخل الكنيسة من أعلاها، والمثقوبة في أسفلها، الموجودة في كنيسة مار ماما والتي تستعمل في الهياكل الوثنيّة وكانت تسمّى أحجار الضحايا. وهناك أثر ثانٍ باقٍ من هيكل إهدن القديم. وهو حجر في حائط مار ماما الشرقي الداخلي، يحمل كتابات ورموزًا لم يتمكّن أحد حتّى الآن من قراءتها ومعرفة مضمونها. 
 
وتتالّف اليوم الكنيسة من حنيتين ومصالبين معقودين بالأحجار مفصولين بقناطر حجريّة، أحدهما للشمال وعلوّه تسعة أمتار والثاني للجنوب وعلوّه ستة أمتار، وفي كلّ مصالب يوجد مذبح في جداره الشرقي.وقد استعمل كهنة إهدن هذا الدير كمدرسة يعلّمون فيها أحداث البلدة ومن ثمّ أقفل بابه وظلّ مهجورًا مدة طويلة.