أثناء احتلال بغداد للمرة الثالثة في عهد الشاه عباس الأول الصفوي الذي كان متسامحا ما شجع النساطرة على طلب افتتاح كنيسة خاصة بهم، فشيدوا كنيسة صغيرة في منطقة الميدان في منطقة سميت باسم رأس الكنيسة وذلك في سنة (1033هـ/1623م) وعندما استعاد الأتراك المدينة من الفرس قرروا اغتصاب الكنيسة فافتداها النصارى بمال وفير وكانت الكنيسة مفتوحة على عهد الوالي (محمد باشا) وكانت وقفا لكنيسة (مار يوحنا العربي ومار قرياقوس) للكلدان في بغداد. وشيدت على اسم السيدة مريم والقديسين الأربعة (كورييل وكوركيس ويوحنا العربي وقرياقوس). وفي فترة من الزمن خلال عام 1723م شرع قسم من أبناء الطائفة بالانتماء إلى الكنيسة الكاثوليكية واتخذوا اسم الكلدان فقل رواد هذه الكنيسة فشرعت جماعة من الأرمن الأرثوذكس بالاستيلاء على هذه الكنيسة بقيادة رجل أرمني يدعى (كيورك نزاريان) وتطور هذا الاسم فأصبح (كوك نزر) وأُطلق على المحلة التي يسكنها وكان صديقا لسليمان باشا فاستطاع بنفوذه وماله الاستيلاء على مفاتيحها في شهر نيسان عام 1744م، ومنذ ذلك الحين والكنيسة بيد الأرمن الأرثوذكس ويقال أنها تقلبت بين أيدي طوائف مسيحية كثيرة وأن (كينورت نازاريت) أستملك الكنيسة لطائفته.