تقع كنيسة القديس برفيريوس  على مساحة ما يقارب ( 216 متر مربع ) في أحد أقدم الأحياء الشعبية بغزة وهو حي الزيتون حيث أنها بنيت معانقةً جامع كاتب ولايات في هذا الحي العريق. ولها بابان رئيسيان الباب الغربي المؤدي إلى المدخل الرئيسي للكنيسة والباب الشمالي، وقد فتح لها باب إضافي حل محل الشباك الجنوبي من أعلى وذلك ليكون مدخلاً ثالثً للكنيسة وهو مؤدي إلى الطابق العلوي عبر درجين يمتدان نزولاً إلى قاعة المدخل الرئيس التي تمتد إلى الهيكل. وقد استغرق بناء هذه الكنيسة ما يقارب الخمس سنوات من عام 402م وحتى عام 407م بنيت تحت إسم الملكه أفظوكيسياني نسبة للملكة التي أشرفت على البناء زوجة الملك أركاديوس وتم تغيير إسم الكنيسة عندما إنتقل للأمجاد القديس برفيريوس وتم وضع قبرة داخل الكنيسة بجوار مدخل الهيكل الرئيسي الشمالي بداخل الجدار حيث الجدار عريض جداً ويوجد جزء من عظمة القديس من يده بداخل صحن الكنيسة تم إستقدامها من اليونان بعهد المطران فينذكتوس- مطارن مدينة غزة عام 1998م تقريباً .

تواريخ مهمة في حياة هذه الكنيسة
14/4/ 407م دشنت الكنيسة باسم كنيسة أفظوكسيياني.
18/3/395م سيم القديس برفيريوس مطرانا على مدينة غزة.
26/2/420م وفاة القديس عن عمر يقارب 73 عامًا. وعين اسم الكنيسة باسمه