هي اليوم تنقسم إلى كنيستين يفصل بينهما حائط إحداهما للروم الأرثوذكس والثانية للروم الكاثوليك والأخيرة مهملة، إنتقل التقديس منها إلى الكنيسة الجديدة خارج سور صيدا القديم..
كانت هذه الكنيسة فيما مضى تسمى "كنيسة صيدا الكاتدرائية" فيها كرسي مطران، تاريخ بنائها مجهول حيث لم نعثر على دليل يوضح حقيقة الأمر سوى مخطوطة تكرم بها الأرشمندريت سليم غزال الرئيس العام للرهبانية المخلصية أظهرت جوانب خفية عن هذه الكنيسة..
فهي قديمة العهد يحتمل أن بناءها تم على أنقاض كنيسة أقدم عهداً منها ربما بنيت على أنقاض معبد وثني ويحتمل أنها الكنيسة التي ذكرها المؤرخ الكنسي  يوسبيوس حيث قال: " إن بولس الرسول رأى كنيسة في صيدا وجالية مسيحية في منتصف القرن الأول الميلادي خلال عبوره المدينة من أورشليم حتى إنطاكية".
وفي أوائل القرن الرابع الميلادي تحولت الكنيسة إلى مقر أسقفي حضر مطرانها تيودورس المجمع الكنسي المشهور في نيقية عام 325م.
رغم الاضطهاد المسيحي في عهد الأباطرة الرومانيين وخصوصاً "ديوكليان" و"مكسيميان" الذين أمروا بتدمير الكنائس المسيحية وتعذيب أبنائها تنصّر معظم سكان المدينة في أوائل القرن الخامس الميلادي..
وقد سميت هذه الكنسية على اسم القديس "نيقولاوس العجائبي" رئيس أساقفة ميرا شفيع البحريين في عهد الإمبراطور في عهد الإمبراطور البيزنطي "يوستينيانوس" في القرن السابع الميلادي.
وفي العهد الصليبي لم يكن من الكنائس الوطنية سواها في صيدا وكنيسة الفرنج ضمن الخان المعروف باسم "خان الفرنج"..غير أن الكنيسة كانت صغيرة وفقيرة ومتداعية لا تليق أن تكون بيتاً لله.. وبدأ التفكير في ترميمها وتجديد بنيانها حتى تكون صالحة ولائقة للعبادة..
وجرى ذلك في العهدين المعني والعثماني وجددها ورممها المطارنة إناطيوس عطية وإفتيموس الصيفي والأخير إستحصل على حجة من الدولة العثمانية في عهد السلطان عبد الحميد الثاني بتجديد الكنيسة ونال موافقة القاضي الشرعي وأئمة صيدا عليها. وتم العمل في  11 نيسان 1690م. على الحساب الشرقي قبل عيد الفصح.
وما زالت هذه الكنيسة إلى اليوم قائمة في محلها..
وكان فيها ثلاثة مذابح أو هياكل:
الكبير الذي في الوسط على اسم القديس نقولاوس صاحب الكنيسة.
والمذبح الثاني إلى جهة اليمين على اسم القديس ميخايل.
والثالث إلى الجهة الشمال ربما كان اسم السيدة واليوم على اسم القديس نقولاوس.. وحين سمح للروم الأرثوذكس في أوائل القرن الثامن عشر في أحمد باشا الجزار وإلى عكا بالتقديس داخل الكنيسة أمام المذبح الشمالي كان ذلك مبعثاً للنزاع بين رجال الطائفتين نتج عنه عام 1850م. بتقسيم الكنيسة يسن الطائفتين وإقامة حائط في وسطها... فأصبحت الكنيسة الأولى إلى الشمال للروم الأرثوذكس والثانية إلى الجنوب للروم الكاثوليك. وما زال هذا التقسيم قائماً حتى اليوم...
مدخلها مدخل سوق النجارين من الشرق معقود واطئ يفض بعد خمسة أمتار تقريباً إلى باب الولوج إلى الكنيسة يليه فسحة ضيقة في قسمها الأكبر غير مسقوف وإلى الجنوب من هذه الفسحة باب كنيسة الروم الأرثوذكس الجزء الشمالي من الكنيسة الأولى قبل الانقسام. السقف منها معقود كسائر بنيان صيدا القديمة والمذبح إلى الناحية الشرقية من الكنيسة. في الجدار الخلفي منه محراب بيزنطي يؤكد انتماء بنائها.