يتكون البناء من عقد مصلب في الوسط , وهو يرتكز على سقف جملون على شكل صليب , يعلوه برج للجرس من الجهه الشمالية الغربية, وتحت الجراسية فتحة في الجدار الشمالي ركزوا فيها جرن المعمودية, لا يوجد ايقونستاس في الكنيسة وهناك جدار يفصل بين صحن الكنيسة وقدس الاقداس فيها.
اما مساحة الكنيسة فحوالي 57م2 واطوال قدس الاقداس فهي 7.8/15م2 ,اي ان مساحتة حوالي 15م2 , والى الشرق منه حنية سقفها مستو دفنوا قسما من الكهنه حولها.
اما كاهن الكنيسة الارثوذكسية في قرية البعنة فهو الاب ناصر قسيس من قرية جديدة من سنة 1992 الى يومنا هذا.
واتباع هذه الكنيسة فهم حوالي 1000 نسمة ومن عائلاتها خازن, جريس, خوري, ضو, الياس, غطاس وحزان...