اقيمت هذه الكنيسة في الحي الغربي الذي تكوّن منذ وقت ليس بالبعيد بسبب تضخم سكان المالكية واتساع مساحتها .
تم وضع حجر الاساس لها على يد المثلث الرحمات مار اسطاثيوس قرياقس مطران الجزيرة والفرات آنذاك وبوشر ببنائها باموال المؤمنين وكنائس منطقة المالكية وقد استأنف نيافة الحبر الجليل ماراسطاثيوس متى روهم مطران الجزيرة والفرات الكلي الطوبى والوقار اعمال بناء هذه الكنيسة ومرافقها حتى تم انجازها على ابهى صورة
تم انشاء مدرسة خاصة فيها ملحق لمدرسة الدجلة الخاصة ومكاتب لادارات ولجان الكنيسة  ،سميت هذه الكنيسة بأسم القديس ماردودو الذي يوجد رفاته في كنيستين بنيتا على اسمه في قريتي(  باسبرين – اسفس ) في طور عابدين وكورة بازبدي ( آزخ ) في تركيا .