وصل الفرنسيسكان إلى اللاذقية عام 1733 ، وقاموا ببناء دير صغير وكنيسة ( الكنيسة القديمة ) عام 1829.في ذلك الوقت كان الفرنسيسكان يديرون مدرسة للبنين وأخرى للبنات .
الكنيسة الجديدة الحالية بينت بتاريخ 19 آذار 1933 حيث قام ببنائها مهندس فرنسي ، وقام بتدشينها المطران فيرديانو جيانين .
بعد انسحاب الفرنسيين عام 1946 من اللاذقية اشترى الفرنسيسكان منهم المدرسة الكبيرة التي كانوا يديرونها حتى عام 1967 . حالياً الفرنسيسكان يرعون شؤون طائفة السريان الكاثوليك والأرمن الكاثوليك لعدم وجود كنيسة و كاهن لديهم.
يعتبر دير اللاتين أكبر الأديرة في مدينة اللاذقية ، ففيه بستان كبير وصالة كبيرة وملاعب وأبنية ،كما تعتبر كنيسة اللاتين من أكبر الكنائس في مدينة اللاذقية وأجملها ،وأول كاهن رعية عمل بالكنيسة هو الأب دومنيك ماروياتي عام 1734.، أما عدد الكهنة الذين عملوا بالكنيسة حتى اليوم حوالي 90 كاهن .
حالياً الكنيسة يجرى لها ترميمات منذ حوالي الخمسة أشهر وستنتهي قريباً. القداس الإلهي يقام حالياً في صالة الدير .
كاهن الرعية الحالي الأب مارون يونان .