تعتبر هذه الكنيسة من أقدم الكنائس الثلاث القديمة والعاملة ليومنا هذا مع كنيسة مار نقولا والسيدة للروم الأرثوذكس.
كانت الكنيسة في القرون الماضية ديراً " دير مار يعقوب " إحدى أديرة البطركية اليعقوبية الأرمنية بالقدس الشريف.
توجد لوحات حجرية منحوتة باللغة الأرمنية القديمة تاريخ 1254 على الباب الرئيسي للكنيسة وهذا التاريخ تاريخ بناء الكنيسة , كما نشاهد على الجدار الغربي الشمالي لوحات حجرية منحوتة على إحداها بالعربية 1380 والثانية 1183 وهي أحجار أضرحة لأشخاص أو كهنة أو من دفنوا قرب الكنيسة .تعتبر الكنيسة من حيث الهندسة العمرانية من أقدم معالم الفن العمراني الخاص لمدينة اللاذقية . بناء الكنيسة شبيه بالأبنية المقدسة القديمة كنائس كانت أو جوامع من الأحجار الرملية البحرية على النوافذ الجانبية نجم خاص.
تم التهجير الثاني لأرمن كيليكيا من قبل الدولة التركية آنذاك وجاءت بغض العائلات الأرمنية المهجرة وسكنوا في الساحل السوري في اللاذقية والبعض في بيروت .
كان للدير أرض ملك مسمى هوكيدون ( البيت الروحي ) اختصر الاسم إلى كيدون .سكنت تلك العائلات في بيوت مؤلفة من غرفة واحدة مسقوفة بالتنك.
تحوّل الدير إلى مدرسة لتعليم الأطفال وسميت باسم مدرسة القديس يعقوب الأرمنية حيث درّست مع اللغة العربية اللغة الأرمنية والإنكليزية والفرنسية. شملت المدرسة مرحلتين روضة وابتدائية حتى الشهادة الإبتدائية . عام 1965 سميت المدرسة باسم مدرسة الشهداء الإبتدائية الخاصة بمرسوم خاص سمح بتدريس اللغة الأرمنية الطقسية إلى جانب برنامج مديرية التربية كاملاً. سطح المدرسة كان من التنك بعد سنوات صب اسمنت وبالرغم من التصليحات كان البناء مهدداً بالسقوط. بمبادرة من المجلس المحلي الأرمني باللاذقية وبترخيص من بلدية اللاذقية وبالتعاون مع مكتب الآثار تم ترميم المدرسة بعهد السيد الرئيس الدكتور بشار الأسد .
واليوم يشكل بناء المدرسة بناءً حضارياً جميلاً يحتضن البناء الأثري القديم،وقد تم ترميم الكنيسة في عهد الرئيس الراحل حافظ الأسد كنيسة السيدة العذراء للأرمن الأرثوذكس .
مجمع الكنيسة والمدرسة يشكل رمزاً من رموز الصداقة والأخوة والمحبة التي تربط الشعبين العربي والأرمني منذ أقدم العصور .
 
الدكتور : نوراير مانجيان