في منتصف القرن التاسع عشر وتحديداً في عام 1856 م حضر عدد كبير من المرسلين الغربيين وبدأوا خدمتهم الروحية في عدد كبير من المدن والقرى بالمنطقة وأنشأوا فيها مدراس إلى جانب العمل الروحي , ومعلمو هذه المدارس كانوا من نفس القرى . بدأ هؤلاء المرسلين خدمتهم باللاذقية في قرية بحمرة أولاً ثم في قرى الجنديرية والغسانية والغنيمية وكانت أول خدمة لهم باللغة العربية عام 1859 وفي عام 1860 افتتحوا أول مدرسة لتعليم الصبيان للمرحلتين الابتدائية والإعدادية وروضة أطفال وفي عام 1866 تم افتتاح مدرسة للبنات .
بنيت الكنيسة الإنجيلية باللاذقية عام 1876 وكانت أولاً عبارة عن صالة كبيرة تتصل بمدرسة البنات وفي عام 1877 كان عدد أعضائها 27 عضواً . وفي نفس العام تم تشييد مستشفى عبارة عن غرفتين للعيادات وغرفتين لاستقبال المرضى تحتويان على 10 أسرة وكان العلاج للمرضى الفقراء مجاناً وهذه المستشفى هي حالياً مشفى الأسد الذي أقيم مكان مدرسة البنات . أما مدرسة الصبيان فهي كانت واقعة مكان مدرسة ابن سينا حالياً . وهكذا بدأت الكنيسة رسالة اجتماعية وعلمية وصحية إلى جوار خدماتها الروحية الأساسية
تعاقب القساوسة الأجانب المرسلون في خدمة الكنيسة حتى عام 1921 وفي تاريخ 20 – 3 – 1920 رسم أول قسيس عربي للكنيسة وهو القس خليل عوض من قرية اللدنية وقد خدم الكنيسة قرابة نصف قرن .
وفي عام 1923 وجدت الحاجة لبناء كنيسة أكبر وهذه الكنيسة تتسع لأكثر من 300 شخص , وانتهى العمل في تاريخ 26-6-1925 حيث تم تدشينها بخدمة العشاء الرباني وسميت الكنيسة الإنجيلية المشيخية المصلحة. وكانت مستقلة تماماً عن أي كنيسة أو أبرشي أخرى وفي عام 1923 بدً العمل في بناء كنيسة في قرية الغسانية ولمّا انتهى العمل فيها أرسل لخدمتها القس ابراهيم بسنا . أما كنيسة الغنيمية ومدرستها فقد أرسل إليها الواعظ يوسف بسنا وألحقتا بكنيسة اللاذقية .
وفي آب 1957 رحلت آخر عائلة من المرسلين من اللاذقية وأصبحت الكنيسة مع المدرستين وطنية حيث كان راعيها وأساتذتها وأطباؤها من المواطنين المحليين فأصبح اسم الكنيسة " الكنيسة الإنجيلية المشيخية الوطنية في اللاذقية " .
وفي عام 1961 انتسبت الكنيسة إلى السينودس الإنجيلي الوطني في سوريا ولبنان الذي يضم جميع الكنائس الإنجيلية في سوريا ولبنان.
تعاقب على الكنيسة بعد القس خليل عوض الرعاة :
القس ابراهيم مهني من مصر 21 – 3 – 1973 حتى نهاية 1984
القس عزيز باسوس 15 – 7 – 1985
القس منير حنة 21 – 12 – 1990
القس أمير اسحق من مصر 20 – 9 – 1996
القس فراس شماس

تقوم الكنيسة اليوم بالكثير من النشاطات على جميع الأصعدة
فعلى الصعيد الروحي : اجتماعات في مدارس أحدية, إعدادية, ثانوية,جامعية ,واجتماعات السيدات بالإضافة إلى خدمات الأحد الصباحية والمسائية ودراسة الكتاب المقدس . وللكنيسة كورال ترنيم يقدم أمسيات الترنيم في الأعياد والمناسبات وله عدة مساهمات وطنية في مهرجان أوغاريت , مسرح المركز الثقافي .
وعلى الصعيد الاجتماعي قامت الكنيسة بتنظيم دورة كرة القدم على ملعبها اشتركت فيها الكثير من الكنائس في اللاذقية . وتقوم الكنيسة بين فترة وأخرى بإقامة سوق خيري " كرمس " لمساعدة الفقراء والمحتاجين ولمرضى.