كان بظاهر مدينة الرقة ـ شرقها ـ في زاوية نهر البليخ بنهر الفرات، وكان من أديار السريان الكبرى المشهورة. شيد في المئة الخامسة للميلاد، وكان يضم مدرسة لاهوتية مشهورة يقصدها الرهبان للتعليم، والمشاعر الصنوبري عدة مقطوعات شعرية فيه، وذكره شعراء آخرون قبل الصنوبري وكان محجاً لسكان البليخ ومنطقي حران والرقة، قال الصنوبري فيه من مقطوعة:
كم غدا نحو دير زكى من    قلب صحيح فعاد وهو حزين
لو على الدير عجبت يوماً    لألهتك فنون وأطربتك فنون
لائمي في صبابتي قدك مهلاً    لا تلمني إن لاملام جنون

بقي دير زكى حتى القرن العاشر للميلاد فيه أستاتذة علم اللاهوت. وقد اشتهر من رهابنة كثيرون. واشتهر فيه الأب ثاودور وكان من أشهر تلامذته المفريان ماروثا التريتي(649)م وقد درس على ييه العلوم اللاهوتية واللغة اليونانية مدة عشر سنوات.